Clasificación de las proteínas transportadoras

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Este tema está basado en la clasificación de las moléculas de transporte propuesta en el año 2002 por el comité de nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular. Se encuentran en:  http://www.chem.qmul.ac.uk./iubmb/mtp/ .

Para un estudio exhaustivo de todos los tipos de transportadores y descripción pormenorizada de los mismos, vea http://tcdb.ucsd.edu/tcdb/

A cada transportador (usado aquí en sentido amplio, como “molécula responsable de un  proceso de transporte”, sin presuponer su mecanismo de actuación)  se le asigna un número TC, análogo al conocido EC asignado a las enzimas. Este número TC está compuesto por cinco dígitos, (en realidad es de la forma dígito-letra-dígito-dígito-dígito) y corresponde a su lugar en la clasificación jerárquica de las moléculas transportadoras. Esta jerarquía comprende los siguientes niveles

1.     Clase. Corresponde al mecanismo del proceso de transporte

2.     Subclase. Por el tipo de estructura del transportador, o la fuente de energía utilizada

3.     Familia. Por la estructura primaria del transportador

4.     Tipo. Por la estructura primaria, dentro de una familia

5.     Transportador.

    Por ejemplo, la síntesis de ATP en mitocodrias, cloroplastos y eubacterias  la realiza la ATPasa F, cuyo número TC es 3.A.2.1.1, que significa:

3: Transportador activo primario

A: La energía la suministra la hidrólisis de un enlace pirofosfato

2: ATPasas traslocadoras de H⁺ (o Na⁺) del tipo F, V, o A, formadas por un tallo hidrofóbico insertado en la membrana  y una “cabeza” hexámérica de tipo a3b3. 

1.1: ATPasas F mitocondriales, de cloroplastos o de eubacterias, sintetizadoras de ATP.

 Evidentemente, un transportador que, a su vez sea una enzima, se podrá clasificar de ambas formas. En nuestro ejemplo anterior, la ATPasa F mitocondrial se clasifica tanto como proteína de transporte con el número  TC 3.A.2.1.1 o como enzima con el número EC 3.6.3.14 

Las principales clases de transportadores son las siguientes:

1. Poros y Canales

2. Transportadores dependientes del potencial electroquímico de los solutos

3. Transporte activo primario (bombas)

4. Translocadores de grupo