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Archivo 4ake.pdb
G.J. SCHLAUDERER, G.E.SCHULZ
1. Proteína "abierta" sin el ligando unido
2. Los 4 aminoácidos básicos que unen a
los fosfatos. Note que en la conformación abierta se encuentran muy
alejados unos de otros. Es al "cerrar la boca" cuando se disponen a la
distancia adecuada para interactuar con los fosfatos del ligando. Es
interesante notar que los sustratos fisiológicos de la enzima (2 ADP, o
ATP+AMP) presentan un número de fosfatos total de
4, que es el número de aminoácidos básicos
que participan en la interacción.
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Archivo 1ake.pdb
C.W. MUELLER, G.E.
SCHULZ
1. Proteína "cerrada", con
el ligando Ap5A unido.
2. Los fosfatos cargados negativamente del
ligando forman cuatro enlaces iónicos con 3 Arg y una Lys de la proteína.
3. Pueden existir moléculas de agua
unidas al ligando, como en este caso (sus oxígenos se muestran en color
púrpura). En el modelo espacial compacto se puede apreciar que esas
moléculas de agua quedan dentro del sitio de unión, acompañando al Ap5A
al interior de la proteína. |