1. Cada subunidad es una cadena de 128 aas que se pliega en forma de barril b formado por  8 segmentos antiparalelos. El sitio de unión de la biotina se encuentra en un extremo del barril.

2. En el complejo la molécula de biotina (representada en colores más claros que el cpk estándar) se halla casi en su totalidad oculta por la proteína. 

3. Los átomos de la avidina que forman el sitio de unión se encuentran en estrecho contacto con la biotina, maximizando las interaciones de van der Waals. Además, hay dos moléculas de agua (sus oxígenos aparecen en púrpura) que se unen mediante  puentes de hidrógeno al grupo carboxilo de la biotina.

4. Tres de los puentes de hidrógeno que se establecen entre la avidina y la biotina. Los residuos implicados figuran en la etiqueta blanca. Note que no aparecen los átomos de hidrógeno porque esta estructura se ha determinado por difracción de rayos x.